El objetivo del Programa de Subsidios Institucionales es contribuir con fondos públicos al sostenimiento de instituciones sin fines de lucro dedicadas al desarrollo de actividades de investigación científica y tecnológica y a las sociedades científicas, constituidas bajo la figura de asociación civil sin fines de lucro, cuyo objeto sea el fomento de la investigación científica y el desarrollo tecnológico, la promoción de la enseñanza de una disciplina y la divulgación del conocimiento en el país.

Los subsidios institucionales están destinados a cubrir los gastos de funcionamiento necesarios para el desarrollo de proyectos de investigación científica y tecnológica:
- Servicios generales (luz, teléfono, gas, limpieza, etc.) y servicios centrales (biblioteca, computación, etc.) que se justifiquen en función de las tareas de investigación y/o de gestión y administración de las mismas;
- Salarios o servicios de personal de administración vinculados a la actividad de ICT o de gestión y administración de las mismas;
- Alquiler y gastos básicos de mantenimiento de edificios;
- Gastos de derechos aduaneros vinculados a insumos para la investigación científica no cubiertos por el financiamiento de los proyectos de ICT, no alcanzados por exenciones;
- Gastos de edición de publicaciones;
- Gastos de seguridad/vigilancia;
- Gastos de seguros.