Sus principales estrategias de trabajo son:

• La promoción y la mejora de la calidad del control en salud de las niñas y niños, incluyendo la promoción de la lactancia materna, la observación del desarrollo infantil, la promoción de las inmunizaciones, etc.
• La prevención y atención de las enfermedades prevalentes de la infancia.
• La prevención del Síndrome de Muerte Súbita e Inesperada del Lactante; la promoción de la Salud Ambiental Infantil.
• El análisis de la mortalidad infantil –a fin de generar intervenciones orientadas a su reducción.
• La pesquisa neonatal, tanto de enfermedades congénitas endócrino-metabólicas y fibrosis quística como de la hipoacusia, la retinopatía del prematuro, las cardiopatías congénitas, la enfermedad de Chagas y sífilis. El Programa Nacional de Fortalecimiento de la Detección Precoz de Enfermedades Congénitas apoya a los programas provinciales con insumos y capacitación para la pesquisa, así como con la provisión de fórmulas de leches especiales para los casos positivos de Fenilcetonuria para cubrir el primer año de vida.