Cuando se estableciera la primera Capitanía de Puerto, con funciones eminentemente policiales relacionadas con la seguridad de la navegación o en el ámbito portuario.

El 12 de marzo de 1951 marca un hito trascendente en su cronología: una Disposición del por entonces Prefecto Nacional Marítimo daba lugar a la creación de la División Informaciones y Seguridad, que luego de sucesivas transformaciones dio origen al actual organismo.

La Dirección de Inteligencia Criminal, órgano asesor de las máximas autoridades de la Institución y del Gobierno Central, interviene en forma continua y permanente en la colección, análisis e integración de la información de interés en el área jurisdiccional y su entorno, siendo muy amplio el espectro de tareas que le competen, las que incluyen la producción de inteligencia criminal sobre las acciones de toda índole que puedan vulnerar la operatividad de los puertos y las vías navegables, así como la salvaguardia de los intereses marítimos, fluviales, pesqueros y portuarios de la Nación.

Al mismo tiempo, la preservación del equilibrio ecológico y la lucha contra una serie de delitos entre los que se incluyen el narcotráfico, el terrorismo, el contrabando, la trata de personas y otros contemplados en leyes especiales son objetivos permanentes entre las actividades de la Dirección de Inteligencia Criminal.

Como componente del Sistema de Inteligencia Nacional, interactúa con la Dirección Nacional de Inteligencia Criminal, cumplimentando los planes nacionales de inteligencia vigentes, y su personal desarrolla una serie de tareas orientadas a satisfacer las necesidades para el sostenimiento de los principios básicos formulados en la Ley de Seguridad Interior, tales como la libertad, la vida, el patrimonio de los habitantes, sus derechos, garantías y la plena vigencia de las instituciones democráticas.

En sus delegaciones de Inteligencia Criminal, distribuidas a lo largo del litoral marítimo, fluvial y lacustre -integradas operacionalmente a la estructura orgánica de las Prefecturas de Zonas y Prefecturas- un equipo humano capacitado para las exigencias que impone la época, desarrolla sus atividades asesorando a la conducción operativa, apoyados por elementos técnicos apropiados.

La dinámica alcanzada en el proceso de integración entre los países miembros del Mercosur generó, desde el punto de vista policial, la necesidad de implementar una modalidad de trabajo impuestas por otras comunidades.

En ese sentido, se intensificó el intercambio de información e inteligencia criminal con organismo nacionales y de los países involucrados, con la finalidad de llevar a cabo un seguimiento constante de las organizaciones criminales cuya magnitud constituya un real peligro para la sociedad.