Dentro de este contexto, la Prefectura ha celebrado distintos convenios de colaboración con las provincias ribereñas de los ríos Paraná, Paraguay, Uruguay y Río de la Plata, en el marco del cuidado y la preservación de las especies ictícolas que habitan en estos ríos, realizando, en apoyo de las autoridades competentes provinciales y de forma aperiódica, patrullajes con el objeto de disuadir las actividades de pesca no autorizadas.

Dicho despliegue operativo representa un significativo esfuerzo para la PNA, dada la extensión de ríos a cubrir y de las costas ribereñas desde donde pueden operar pescadores ilegales o en contravención a la normativa provincial vigente.

La República del Paraguay y la República Argentina suscribieron un Convenio por el cual se crea la Comisión Mixta argentino – paraguaya del Río Paraná, COMIP.
La COMIP tiene por objeto el “estudio y evaluación de los recursos del río Paraná en el tramo limítrofe entre los dos países, desde su confluencia con el río Paraguay hasta la desembocadura del Iguazú” y posee, dentro de sus funciones, la evaluación y el aprovechamiento de los recursos del río en los tramos compartidos con el Paraguay.