De las especies actuales de ballenas, la franca es la que más cerca de la extinción ha llegado.

Tras haber casi exterminado a las poblaciones de la ballena franca septentrional (especie afín del Hemisferio Norte) durante los siglos XVIII y XIX, las flotas balleneras se dirigieron hacia los mares australes, dedicándose a cazar a la ballena franca austral. Se calcula que al inicio de la matanza vivían unos 100 mil ejemplares, número que se redujo drásticamente, al punto que en la actualidad se estima en unos 7 mil ejemplares.

El hecho de que las hembras tienen sólo una cría cada tres años explica, en parte, la lenta recuperación de sus poblaciones.

Hoy existen otras amenazas para esta especie: la contaminación en los mares y océanos y las infracciones que puedan cometer las embarcaciones que se dedican a la práctica turística del avistaje de ballenas. Para protegerla de su extinción, nuestro país la declaró Monumento Natural Nacional en 1984.