Además de su protección a nivel nacional, la ballena franca austral está protegida a nivel mundial por la Comisión Ballenera Internacional – que prohibe su caza – y la Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Flora y Fauna (CITES), que prohibe toda acción de comercio internacional de sus productos, al haberla incluido en su Apéndice I.

También se encuentra protegida por la Convención de Bonn sobre Especies Migratorias de Animales Silvestres.