La Junta de Seguridad en el Transporte (JST) divide su tarea en cinco regiones para abarcar todo el territorio de la República Argentina, con Sede Principal en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires.

Región Noroeste: integrada por las provincias de Catamarca, Jujuy, La Rioja, Salta, Santiago del Estero y Tucumán con sede en la Ciudad de Salta.

Región Noreste: integrada por las provincias de Chaco, Corrientes, Formosa y Misiones con sede en la Ciudad de Resistencia.

Región Cuyo: integrada por las provincias de Mendoza, San Juan y San Luis con sede en la Ciudad de Mendoza.

Región Centro: integrada por las provincias de Buenos Aires, Córdoba, Entre Ríos y Santa Fé y la Ciudad Autónoma de Buenos Aires con sede en la Ciudad de Paraná.

Región Patagonia: integrada por las provincias de Chubut, La Pampa, Neuquén, Río Negro, Santa Cruz y Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur con sede en la ciudad de Río Gallegos.

Además, la JST cuenta con personal de investigación en las ciudades de Bahía Blanca, Bariloche Córdoba, Corrientes, Mar del Plata, Puerto Madryn y Rosario.