Para poder abarcar todo el territorio de la República Argentina la Junta de Seguridad del Transporte divide su tarea en cinco regiones: Noroeste, Noreste, Cuyo, Centro y Patagonia.

La Sede Central está ubicada en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires y cada una de las regiones está conformada de la siguiente manera:
- Región Noroeste: integrada por las provincias de Catamarca, Jujuy, La Rioja, Salta, Santiago del Estero y Tucumán;

• Región Noreste: integrada por las provincias de Chaco, Corrientes, Formosa y Misiones

• Región Cuyo: integrada por las provincias de Mendoza, San Juan y San Luis

• Región Centro: integrada por las provincias de Buenos Aires, Córdoba, Entre Ríos, Santa Fe y la Ciudad Autónoma de Buenos Aires

• Región Patagonia: integrada por las provincias de Chubut, La Pampa, Neuquén, Río Negro, Santa Cruz y Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur