La conservación y el aprovechamiento sostenible de los ecosistemas costero-marinos requiere del uso de adecuadas herramientas de gestión, así como de la articulación con otras jurisdicciones, otros organismos de gestión, instituciones académicas y de investigación y organizaciones de la sociedad civil.

En el marco de los instrumentos dispuestos en la Ley General del Ambiente se consideran la planificación espacial marina y el manejo costero integrado como herramientas para el ordenamiento ambiental del territorio marino y costero-marino. Asimismo, para las actividades extractivas y productivas, se considerarán las herramientas de evaluación ambiental, según correspondan a cada caso. Otras herramientas y enfoques transversales son las áreas marinas protegidas, el enfoque ecosistémico de la pesca y otras medidas eficaces de conservación basadas en áreas (OMEC). Se incluyen, asimismo, líneas de gestión tales como la Red Federal de Asistencia a Varamientos de Fauna Marina y el abordaje de la problemática de los residuos marinos.