En el ámbito Marítimo, Fluvial y Lacustre la JST investiga sucesos relacionados con la explotación de un buque o artefacto naval ya sea marítimo, fluvial o lacustre, de acuerdo a lo estipulado por la Organización Marítima Internacional. Se considerarán los sucesos que produzcan muerte o lesiones graves a las personas, pérdida de una persona a bordo, presunta pérdida o abandono de un buque o artefacto naval, daños materiales o varada de un buque o artefacto naval, como así también daños materiales a la infraestructura marítima ajena al buque pero que sean producidos por el mismo. Una vez concluido el proceso de investigación y análisis del suceso, la JST realiza el control de las medidas de seguridad operacional implementadas.