El Proyecto Pierre Auger es una iniciativa internacional que busca determinar el origen y la identidad de los rayos cósmicos y dar otro paso adelante en la comprensión de nuestro universo.

La CNEA es uno de los principales participantes de este proyecto, en el que intervienen 500 científicos de casi un centenar de instituciones de 18 países. En el marco de esta colaboración, se observan las lluvias de rayos cósmicos mediante la medición de las cascadas de partículas que se producen cada vez que uno de ellos colisiona con las moléculas de la atmósfera superior. A partir de estas observaciones se determinan la energía, la dirección de llegada y la naturaleza de los rayos cósmicos de las más altas energías observables.
El proyecto tiene su sede en el Observatorio Pierre Auger, inaugurado en 2008 en la provincia de Mendoza. Su emplazamiento fue definido luego de una búsqueda de sitios a nivel mundial, cuya selección final recayó en Pampa Amarilla, una locación ubicada en los departamentos mendocinos de Malargüe y San Rafael, por reunir las mejores condiciones geográficas y ambientales para este tipo de observaciones. También se tuvieron en cuenta la buena infraestructura local y la presencia de grupos argentinos de investigación interesados en llevar adelante el proyecto.
Este observatorio de rayos cósmicos es el de mayor tamaño del planeta y cuenta con detectores distribuidos sobre una superficie superior a los 3000 kilómetros cuadrados. Esta red de detectores de superficie se complementa con un conjunto de 24 telescopios de alta sensibilidad que examinan la atmósfera para observar la tenue luz ultravioleta producida por las cascadas de rayos cósmicos al atravesar el aire.
La importancia de la observación de los rayos cósmicos de alta energía radica en que aporta una información diferente de la que se obtiene mediante los métodos tradicionales, basados en la observación de la luz visible u otras formas de radiación electromagnética.