Las personas participantes son examinadas por Comisiones Evaluadoras de Pares, integradas por calificadas/os investigadoras/es en cada una de las disciplinas involucradas. Estas comisiones emiten un dictamen con una terna de las candidaturas con mayor mérito para cada uno de los Premios.

La Comisión de la Distinción recibe los dictámenes de las Comisiones Evaluadoras y designa en forma definitiva a las personas ganadoras de los Premios Houssay, Houssay Trayectoria, y Jorge Sabato.

En función de las/os ganadoras/es de los Premios Houssay Trayectoria, se propondrá a Presidencia de la Nación una persona para ser galardonada/o con la Distinción Investigador/a de la Nación Argentina.