El Consejo Federal del Trabajo actúa mediante los siguientes órganos:

• La Asamblea Federal. Es el órgano superior del Consejo. Determina su acción y política general, aprueba su Estatuto y elige a los miembros del Comité Ejecutivo y de las Comisiones Técnicas. Tiene al menos una reunión ordinaria cada tres (3) meses y sus resoluciones se adoptan por el voto de los dos tercios de los miembros presentes.
  Está integrada por una representación del Ministerio de Trabajo y Seguridad Social, una de cada provincia y una de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. El Ministro de Trabajo y Seguridad Social es el presidente natural del cuerpo. Las representaciones provinciales y de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires eligen un presidente alterno que ejerce también las funciones de vicepresidente.
• El Comité Ejecutivo. Es el órgano responsable de las acciones necesarias para el cumplimiento de las decisiones de la Asamblea.
  Está integrado por un presidente, un vicepresidente y tres secretarios, elegidos entre los representantes de las provincias y de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, quienes durarán un (1) año en sus funciones, pudiendo ser reelectos por un período similar.
• La Secretaría Permanente. Ejerce la secretaría de la Asamblea Federal y del Comité Ejecutivo con la misión de conducir las actividades y estudios resueltos por esos cuerpos.
  Su titular será el Secretario de Trabajo del Ministerio de Trabajo y Seguridad Social, pudiendo delegar total o parcialmente sus funciones.
• Las Comisiones Técnicas permanentes o transitorias.
  Están integradas por representantes que pueden o no ser miembros del Consejo, pero cuyo presidente si deberá serlo. En el marco de las citadas comisiones se abordan temáticas: Mercosur y Asuntos Internacionales, Empleo y Formación Profesional, Policía de Trabajo, Salud y Seguridad en el Trabajo, Trabajo Agrario, Prevención y Erradicación del Trabajo Infantil, Relaciones Sindicales, entre otros.