Desde sus inicios en el año 2011 hasta la actualidad, el objetivo principal del SIFEBU es coordinar la cooperación entre el Ministerio de Seguridad, el Poder Judicial y los Ministerios Públicos, las demás carteras del Poder Ejecutivo Nacional y cualquier otro organismo o ente centralizado o descentralizado, del orden nacional, provincial, municipal o de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires que intervenga en la búsqueda de personas desaparecidas y la identificación de personas con identidad desconocida o cuya información pueda ser de utilidad para dar con el paradero y/o identidad de las mismas (Decreto 1093/16).