La gestión de la Subsecretaría de Investigación Criminal y Cooperación Judicial se organiza en torno a su objetivo principal: la intervención, coordinación y planificación de investigaciones de la criminalidad organizada (narcotráfico, ciberdelito, lavado de dinero, contrabando, evasión impositiva, trata de personas, tráfico de armas, delitos ambientales, robo automotor y venta ilegal de autopartes, entre otros).

La intervención efectiva en la dirección de investigaciones de la criminalidad organizada, trabajando mancomunadamente con las Fuerzas Policiales y de Seguridad y las agencias del Poder Judicial y los Ministerios públicos, se combina con la producción y sistematización de datos, elaboración de políticas públicas y planificación de estrategias concretas para el abordaje de los distintos tipos de delito complejo, el colaboración con organismos específicos de la sociedad civil y con agencias internacionales especializadas.

La articulación con organismos del Poder Judicial y Ministerios Públicos se genera a través de instancias de coordinación y asistencia técnica en las cuales se ponen a disposición los recursos en materia de Investigación criminal y policía científica, tanto del Ministerio como también de las Fuerzas Policiales y de Seguridad.

Además, es responsabilidad de esta Subsecretaría la organización y despliegue del Sistema Federal de Búsqueda de Personas Desaparecidas y Extraviadas (SIFEBU), de la Línea 134 para la recepción de denuncias, del Sistema Federal de Comunicaciones Policiales (SIFCOP), del Sistema Integrado de Información Criminal del Delito de Trata de Personas (SISTRATA), entre otras herramientas destinadas a potenciar las capacidades de acción del Ministerio.