Los programas que funcionan en el Hospital Nacional “Dr. Baldomero Sommer” son:

• Programa Prevención VIH-Sida, Hepatitis Virales y Infecciones de Transmisión Sexual (VIH-SIDA-ITS)
• Plan TBC
• Programa REMEDIAR + REDES.
• Plan MATERNO INFANTIL
• Programa de Prevención de cáncer genito-mamario (PROGEMA) asociado al sistema de registro SITAM
• Programa de Epilepsia (PROEPI).
• Programa de Salud Reproductiva y Procreación Responsable (PPSR y PR).
• Prevención, Diagnóstico y Tratamiento del paciente Diabético (PRODIABA)
• Programa para el Asma Infantil (PROBAS)
• Programa Nacional de CHAGAS.
• Programa de Uso Racional de Psicofármacos - Dirección de Salud Mental.
• Infecciones Respiratorias Agudas (IRA)
• Programa Nacional de Control de Enfermedades Zoonotiicas (ProNCEZ)
• Programa Nacional de Control de Enfermedades Inmunovenibles (ProNaCEI)