Las Fuerzas Armadas, teniendo como razón de ser desde el punto de vista constitucional la Defensa Nacional, han necesitado de un conocimiento previo de las amenazas que, en el corto, mediano y largo plazo pudieran accionar sobre sus medios y afectar la protección de los intereses vitales de la Nación.

Surge así la necesidad de formar especialistas en el área de inteligencia. La primera expresión de formación relacionada con esta especialidad data del 28 de julio de 1933, fecha en que el Ministro de Guerra General Manuel Rodríguez, resolvió la preparación y organización del Servicio de Criptografía de Guerra, adscripto al Servicio de Informaciones dependiente del Estado Mayor General del Ejército.

Posteriormente y ante la necesidad de contar con inteligencia específica naval, aeroespacial y terrestre, el Poder Ejecutivo, crea por decretos las respectivas escuelas de formación4, las que con distintos asientos y denominaciones educaron a profesionales hasta el año 2000.

La intención de conformar un centro de estudios en el ámbito conjunto, comenzaron a tomar fuerza en el año 1984, luego del Conflicto por Malvinas e Islas del Atlántico Sur, pero recién en 1995 se forma una comisión de estudios especiales cuyos integrantes fueron los tres directores de las escuelas a requerimiento de la Junta Coordinadora de Educación Militar (JUCEM) dependiente del Ministerio de Defensa. Finalmente, en 1999 el entonces Ministro de Defensa Lic. Ricardo LOPEZ MURPHY, toma la decisión política de unificarlas en un mismo predio mediante una Resolución Ministerial.

La actual organización se materializa con la Resolución del Ministro de Defensa Nro 200 del 10 de marzo de 2000, donde se crea el Instituto de Inteligencia de las Fuerzas Armadas que comienza a funcionar en 2001, siendo sus cimientos la trayectoria y las experiencias de cada una de las Escuelas de las Fuerzas.

En el nivel de educación superior y para adecuarse a lo establecido por Ley de Educación Superior para impartir carreras de posgrado, el Instituto desarrollaba sus actividades como una Unidad Académica Asociada5 del Instituto Universitario Aeronáutico6. Esta asociación le garantizaba al IIFA el carácter universitario de los estudios y títulos, si bien no se ejercía una supervisión académica efectiva, pues la dependencia orgánica y administrativa era responsabilidad del Estado Mayor Conjunto.

A partir de la creación de la Universidad de la Defensa Nacional, todas las gestiones referidas a carreras de nivel universitario se realizan por intermedio del Decano de la Unidad Académica de Formación Militar Conjunta.