Las responsabilidades que la legislación asigna a la Prefectura Naval Argentina, demandan en gran medida la coordinación de su labor profesional con organizaciones internacionales e instituciones extranjeras que cumplen cometidos similares.
Tales requerimientos derivan de una preocupación común por contribuir a la seguridad de la vida humana en el mar, preservar el medio ambiente marino y satisfacer, mediante normas concertadas a nivel internacional, dichos aspectos y todas las cuestiones técnicas y jurídicas conexas.
El ámbito de mayor relieve en que se trasunta esta labor es el de la Organización Marítima Internacional, agencia de las Naciones Unidas especializada en cuestiones marítimas, tema que se desarrolla en acápite siguiente.
Escudo de la Red Operativa de Cooperación Regional de Autoridades Marítimas de Sudamérica, México y Panamá (ROCRAM).
En el orden regional, a partir de la creación de la Red Operativa de Cooperación Regional de Autoridades Marítimas de Sudamérica, México y Panamá (ROCRAM) en 1983, la Prefectura cumple asimismo una importante labor efectuando aportes que han constituido significativas contribuciones a sus programas integrados de trabajo, el diseño de una estrategia para la protección del medio marino, la formación de recursos humanos de la marina mercante y de las administraciones marítimas, el procesamiento automático de datos, el desarrollo de planes de contingencia, el control del tráfico de buques en la región, el perfeccionamiento de la legislación marítima, la lucha contra el narcotráfico y otras materias, todo ello en el marco de los mecanismos de cooperación técnica que caracteriza a esta organización.
Es digno de mención en el ámbito de la ROCRAM, el desempeño de funciones con motivo del Acuerdo de Viña del Mar para el control de buques por el Estado Rector del Puerto, cuya Secretaría y Centro de Información fueron confiados a la Prefectura Naval Argentina.
Asimismo se destacan las consultorías que oficiales de la Prefectura cumplen en diversos Estados latinoamericanos, para cooperar en el desarrollo de la legislación y servicios destinados a facilitar la aplicación de las normas internacionales.
La Prefectura participa asiduamente de las reuniones que se llevan a cabo a nivel bilateral y en el seno de las estructuras establecidas por diversos tratados para la consideración de asuntos técnicos y jurídicos relacionados con sus responsabilidades legales, como en el caso de las Comisiones Administradoras de los ríos de la Plata y Uruguay, el Comité Intergubernamental de la Hidrovía Paraguay - Paraná, los grupos de trabajo del Mercosur, el sistema de la Cuenca del Plata, las comisiones de frontera, etc.
Finalmente, ocupan un lugar de relieve las relaciones de intercambio y cooperación con instituciones extranjeras que cumplen funciones similares, especialmente los servicios conocidos genéricamente como Guardacostas. Las que vinculan a la Prefectura con el Servicio de Guardacostas de los Estados Unidos de América se caracterizan en este sentido por una amplia gama de actividades profesionales de mutuo interés.