La Banda, actualmente dependiente de la Secretaría General, fue creada el 25 de agosto de 1948 a solicitud del entonces Director de la Escuela de Prefectura que en esa época se denominaba Escuela de Policía Marítima, prefecto Mauricio Karmel.

Inicialmente la Banda dependió de la mencionada Escuela. Luego de la preparación del repertorio inicial y de su adecuada ejecución por parte de los hombres que la integraban, su primera presentación tuvo lugar el 29 de noviembre de 1948. Estaba formada por 25 músicos, quienes interpretaron marchas y canciones en una reunión de camaradería realizada en esta fecha con motivo del Día de la Prefectura, en el Club de Pescadores de la Costanera Norte.

La primera Sala de Ensayos estuvo ubicada en instalaciones del puerto metropolitano próximas a la calle Brasil. Posteriormente se trasladó a bordo del buque "Petrel", amarrado en el puerto de Buenos Aires. En el año 1959 ocupó su emplazamiento en la Dársena Norte. En el año 1965 la Banda pasa a depender de la Secretaría General.

Desde su inicio fue dirigida por el prefecto José Pazos. En el año 1968 lo sucedió el prefecto principal Orlando Dante Zanier, compositor de la música de la marcha "Prefectura Naval Argentina", quien ejerció estas funciones hasta el 30 de abril de 1981. En el año 1975 ejerció temporalmente el cargo de Jefe de la Sección Banda de Música el oficial ayudante Osmar Balvidares. Sucedió al prefecto principal Zanier el subprefecto Federico Rubén Santarelli, recientemente retirado. Luego estuvieron a cargo los Maestros, Mario Jorge Lastra y Julio Miguel Dibon.