Las provincias de Buenos Aires, Córdoba y Santa Fe acordaron en 1999 crear la Comisión Interjurisdiccional de la laguna La Picasa, para resolver en forma conjunta los problemas planteados por el crecimiento si precedentes del nivel de la laguna, de menos de 97 metros sobre el nivel del mar a casi 104 metros. La Comisión fue formalizada mediante un Tratado Interjurisdiccional, en el que se estableció que estará integrada por representantes de la áreas de Obras Públicas, Asuntos Agrarios y Ambientales de las tres provincias y por representantes de esas misma áreas del Gobierno Nacional. La Secretaría de Infraestructura y Política Hídrica fue invitada a actuar como coordinadora de los aspectos técnicos que debe tratar la Comisión.

El Comité Técnico acordó la ejecución de las obras de descarga a la Cañada de las Horquetas -cuenca del Salado Bonaerense- que se están ejecutando en el presente, así como las obras internas de regulación y descarga en el interior de la cuenca de la laguna La Picasa. La construcción por la provincia de Santa Fe -como obra de emergencia- de un canal de descarga de la laguna a la laguna el Chañar -también de la cuenca del Salado Bonaerense- dio lugar a una demanda de la provincia de Buenos Aires ante la Corte Suprema de Justicia, la cual ordenó a Santa Fe a taponar el canal, debido a que no había sido autorizado por Buenos Aires. La Corte Suprema ha solicitado a la Secretaría de Infraestructura y Política Hídrica que actúe como mediadora en el conflicto y en cumplimiento de este cometido personal de la Secretaría de Infraestructura y Política Hídrica ha participado en numerosas campañas conjuntas de medición de caudales, niveles y calidad del agua.

En 2002 la Comisión acordó la construcción de un canal de descarga al río Paraná, debido a que el nivel de la laguna excedió los 105 msnm y a que la derivación a la cuenca del Salado estará supeditada a que previamente se reduzca la superficie inundada en dicha cuenca, que en el presente está todavía en niveles excepcionales. El INA, con la colaboración de profesionales de la Secretaría de Infraestructura y Política Hídrica, realizó el proyecto ejecutivo de la obra y coordinó los estudios de impacto económico y ambiental.