Fue creado en 1972 mediante un acuerdo entre tres provincias y la Nación. Está actualmente integrado por las cinco jurisdicciones provinciales de la cuenca y por la Nación. Está en tramite un Tratado Interjurisdiccional que incorporará a la SAyDS y al Ministerio del Interior. Ha promovido la instalación de estaciones hidrométricas y la realización de estudios, relacionados principalmente con la reducción de las pérdidas por infiltración. La Comisión Interprovincial del Río Juramento, integrada por representantes de las provincias de Salta y Santiago del Estero y por un representante de la Nación, es la Autoridad de Aplicación del contrato de concesión de la operación de las centrales hidroeléctricas de Cabra Corral y El Tunal. Interviene regularmente para facilitar acuerdos sobre el régimen de desembalses y sobre la distribución del agua entre las provincias que están aguas debajo de las presas.