Los Proyectos interinstitucionales promueven el trabajo transversal y colaborativo. A su vez, permiten coordinar capacidades complementarias de las instituciones científicas y tecnológicas en el abordaje de un tema estratégico con impacto medio o alto, y contribuir al desarrollo social, económico y ambiental del país.

El propósito es fomentar la articulación y la coordinación entre las diferentes instituciones del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (SNCTI), al sumar capacidades científicas y tecnológicas complementarias, a través de la ejecución de proyectos de investigación, desarrollo e innovación de forma asociativa y multidisciplinaria.