En Argentina, la CNEA aplica e investiga las más moderna tecnología nuclear a través de diversas instituciones. Lo hace especialmente a través de los Centros de Medicina Nuclear que impulsó. Tal es el caso de la Fundación Escuela de Medicina Nuclear (Mendoza), la Fundación Centro de Diagnóstico Nuclear (FCDN), el Centro de Medicina Nuclear del Hospital de Clínicas “José de San Martín” y el Centro Oncológico de Medicina Nuclear del Instituto de Oncología “Ángel Roffo” en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, el Centro de Medicina Nuclear de Entre Ríos (CEMENER), ubicado en la localidad de Oro Verde (cercana a la capital provincial), la Fundación INTECNUS en San Carlos de Bariloche (Río Negro), el Centro de Medicina Nuclear de la Patagonia Austral (CEMNPA) en Río Gallegos (Santa Cruz) y el Centro de Medicina Nuclear y Radioterapia "Presidente Néstor C. Kirchner" (CEMENURK) en Formosa.

Esa trayectoria comenzó en 1967, cuando la Comisión Nacional de Energía Atómica y la Universidad de Buenos Aires firmaron un convenio que dio origen al Servicio de Medicina Nuclear del Hospital de Clínicas “José de San Martín”, ubicado en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires.

Las principales actividades desarrolladas por los profesionales de CNEA en los diferentes centros de medicina nuclear están relacionadas con la física médica, la ingeniería nuclear y la radiofarmacia, produciendo una sinergia que permite la investigación científica y la formación de nuevos profesionales y técnicos en el área.