Entre las funciones de la Dirección Militar de Asistencia en Emergencia se encuentra:

• Gestionar, coordinar, dirigir y supervisar el desarrollo de las actividades de nivel táctico que lleven a cabo las FFAA en tiempo de paz, relacionadas con la Protección Civil, cuando el Ministerio de Defensa ordene o autorice el empleo de las FFAA, tanto en el país como en el exterior.
• Entender en la planificación, coordinación, ejecución, supervisión y control del Adiestramiento Militar Conjunto y Conjunto Combinado de Protección Civil.
• Entender en la planificación, coordinación, ejecución, supervisión y control de la Capacitación Militar Conjunta de Protección Civil.
• Intervenir en la activación de los Acuerdos de Cooperación en Casos de Catástrofe ante los requerimientos de apoyo que ordene el Ministerio de Defensa, por la ocurrencia de desastres naturales/inotrópico con otros países.
• Coordinar los requerimientos a los EEMMGG, canalizando los mismos por intermedio de la Secretaría de Coordinación Militar en Emergencias, con las organizaciones y Oficiales de Enlaces designados (Canal Técnico).
• Desarrollar, proponer y aprobar el planeamiento de su nivel y el de los Comandantes de Zona de Emergencia (CZE), a fin de contribuir con el cumplimiento de las responsabilidades operacionales en tiempo de paz asignadas al COFFAA relacionadas con Protección Civil.