A través de la Gerencia de Gestión Ambiental, la CNEA se ocupa de la implementación y cumplimiento de la Política Ambiental Institucional a través del Sistema de Gestión Ambiental y la aplicación de los procedimientos e instructivos en todos los organismos, departamentos regionales, centros atómicos y sitios donde desarrolla sus actividades.

El Manual de Sistema de Gestión Ambiental de la CNEA define como objetivo general "lograr la mejora continua del desempeño ambiental de la Institución. Además, precisa los componentes básicos, las responsabilidades y las principales herramientas para su implementación.