En el año 1902 el paisajista Carlos Thays, por encargo del gobierno nacional, realizó un estudio de las cataratas del Iguazú, en Misiones, y diseñó un proyecto de Parque Nacional cuyo establecimiento demoró varios años. Al año siguiente, el 6 de noviembre de 1903, el perito Francisco Moreno cedió a la Nación tres leguas cuadradas (unas 7.500 hectáreas) ubicadas en cercanías de Laguna Frías y Puerto Blest, al oeste del lago Nahuel Huapi, ubicado entre las provincias de Río Negro y Neuquén, con el fin de que “sea consagrada como parque público natural”.

El 17 de enero de 1907 la superficie original se vio ampliada a 43.000 hectáreas por decreto del presidente de la Nación, José Figueroa Alcorta.

El 8 de abril de 1922 se creó, bajo el mandato presidencial de Hipólito Irigoyen, el Parque Nacional del Sud (futuro Nahuel Huapi) con una superficie total de 785.000 hectáreas. Su primer intendente fue el ingeniero Emilio Frey.

En tanto, en 1909, se había procedido a reservar por Ley Nacional las tierras que circundan a las cataratas del Iguazú, tal lo aconsejado por Thays, que volvió a ocuparse del tema en un extenso informe elevado al Gobierno Nacional en 1912.

En 1923, el botánico belga Lucien Hauman, incluyó en un extenso listado de áreas a proteger a los bosques de araucaria, los palmares de yatay, los pastizales pampeanos, los bosques naturales del Delta, la orilla del Río de la Plata y la isla Martín García.

En 1928 se procedió a la compra de 75.000 hectáreas destinadas a la creación de un Parque Nacional en torno a las cataratas del Iguazú y una colonia militar en el noroeste misionero.

El 30 de septiembre de 1934, bajo la presidencia del general Agustín Justo, se sancionó la ley Nº 12.103 que creó la Administración General de Parques Nacionales y Turismo y los Parques Nacionales Iguazú y Nahuel Huapi.

Una de las preocupaciones de la primera comisión directiva de Parques Nacionales fue la de conseguir un sitio donde la nueva institución pudiera desarrollar sus funciones. Cuatro oficinas alquiladas en un edificio ubicado en la calle 25 de Mayo 267, en la Ciudad de Buenos Aires, fueron su primer lugar de trabajo, para luego trasladarse al edificio Tornquist hasta la compra del antiguo Palacio Haedo, inmueble frente a la plaza San Martín que se transformó en su sede administrativa oficial.

El 6 de octubre de 1942 la Dirección de Parques Nacionales le compró al Banco Popular Argentino el inmueble por considerarlo “conveniente a los fines de la repartición, tanto por su ubicación como por la disposición interna y externa”. En el año 2001 el edificio fue declarado Patrimonio Histórico de la Nación.

Para continuar con la política iniciada a partir de la sanción de la ley de Parques Nacionales en 1934, el Ejecutivo creó por decreto fechado el 11 de mayo de 1937 las reservas Lanín, en Neuquén; Los Alerces, en Chubut; Francisco Moreno y Los Glaciares, en Santa Cruz. El decreto preveía, además, un área anexa a Los Alerces, que recién en 1971 constituiría el Parque Nacional Lago Puelo. Hacia 1945, estas reservas fueron declaradas Parques Nacionales. También se creó en ese momento en Neuquén el Parque Nacional Laguna Blanca.

Durante las primeras décadas el objetivo fue proteger la naturaleza “prístina”, defender las fronteras y promover el turismo de alto nivel. En función de ello se promovió el desarrollo de las localidades vinculadas a las áreas protegidas. A mediados de la década de 1940 la política se orientó al turismo social, al considerar el contacto entre los Parques y los habitantes de la Nación como un derecho. En la década de 1950 se promovió la investigación científica como un eje central en la gestión de las áreas. Ingresaron a la institución especialistas en distintas áreas y se publicó la Revista Natura, donde escribieron reconocidos investigadores como Lucas Tortorelli, Milan Dimitri, Ángel Cabrera, Guillermo Furlong y Alberto Rex González.

Por esos años empezó a prevalecer el criterio de que las áreas protegidas deberían constituir unidades representativas de las distintas formaciones biogeográficas del país. Así, en 1943, Dennler de La Tour proyectó un Parque en la provincia del Chaco y propuso la ampliación del Parque Nacional Iguazú. En 1948, la exuberante selva tucumano-oranense o Selva de las Yungas vio nacer la primera de las unidades de conservación destinadas a preservarla: la Reserva Nacional Finca El Rey, en Salta, que luego sería el Parque Nacional El Rey. A éste le siguió, en 1951, el Parque Nacional Río Pilcomayo en Formosa.

Aquel proyecto de Dennler La Tour, continuado por el ingeniero agrónomo Hugo Correa Luna y el entomólogo Antonio Martínez, originó la creación, en 1945, del Parque Nacional Chaco. El mismo año se reservaron 10 mil hectáreas que luego conformarían el Monumento Natural Bosques Petrificados, en plena estepa patagónica santacruceña, efectivizado en 1954. En 2012 esta área protegida se amplió y se transformó en Parque Nacional.

En 1960 una nueva Ley, la Nº 15.554, permitió el establecimiento del Parque Nacional Tierra del Fuego en la provincia más austral del país.

En 1965 se creó el Parque Nacional El Palmar, en Entre Ríos, para proteger un núcleo importante de palmares de yatay. Tres años después, y tras varios estudios, se concretó la formación de la Reserva Natural Formosa.

A partir de 1970 la Institución pasó a denominarse Servicio Nacional de Parques Nacionales.

Al delimitarse nuevamente, según las categorías correspondientes, las áreas protegidas existentes, se crearon en 1971 los Parques Nacionales Los Arrayanes, en Neuquén, y Lago Puelo, en Chubut.

En 1974 la yungas salteñas volvieron a convertirse en el escenario para la creación de un nuevo Parque Nacional: Baritú. Más adelante, en 1978 y tras la donación de una empresa privada, se creó en Jujuy la tercera unidad de conservación que protege aquella cuña de bosques y selvas de montañas, el Parque Nacional Calilegua.

En tanto, en 1977 la provincia de La Pampa vio nacer al Parque Nacional Lihué Calel, ubicado en las serranías homónimas, siendo el primero dentro de su territorio.

En diciembre de 1980 se sancionó la Ley 22.351, que se convirtió en el nuevo instrumento legal de la ahora Administración de Parques Nacionales. Ese mismo año se incorporó al listado de áreas bajo su jurisdicción el Monumento Natural Laguna de los Pozuelos, en Jujuy.

Las poblaciones de la ballena franca austral vieron ampliadas sus posibilidades de supervivencia en 1984 al declarar a este cetáceo Monumento Natural en aguas jurisdiccionales argentinas.

Hacia 1986 se impulsó la organización de la Red Nacional de Áreas Protegidas a fin de coordinar y homogeneizar los criterios de conservación con las provincias, los municipios y los privados. Por otra parte, los Parques Nacionales Los Glaciares e Iguazú pasaron a integrar, en 1981 y 1985 respectivamente, el listado del Patrimonio Mundial confeccionado por la UNESCO.

En 1990 se estableció una nueva categoría de manejo, la Reserva Natural Estricta, aplicable a áreas protegidas nacionales existentes o porciones de las mismas, así como a nuevas áreas protegidas creadas a tal fin. Esta nueva norma sirvió de sustento para la creación de las Reservas Naturales Estrictas San Antonio, en Misiones; Colonia Benítez, en Chaco, y Otamendi, la primera área natural protegida a nivel nacional en la provincia de Buenos Aires.

En 1991 se incorporó el Parque Nacional Sierra de Las Quijadas, situado en el noroeste puntano, y un año después el Parque Nacional Pre-Delta, recostado en la margen este del Paraná entrerriano.

Durante 1992 se produjo la adhesión de la Argentina a la Convención Relativa a los Humedales de Importancia Internacional, conocida como Convención Ramsar. Se hizo efectivo este compromiso con la declaración como Sitios Ramsar de los Parques Nacionales Río Pilcomayo y Laguna Blanca y el Monumento Natural Laguna de los Pozuelos.

Con la creación de la Reserva Natural Estricta El Leoncito se consolidó, en 1994, la protección de una porción de la precordillera del sudoeste sanjuanino. Durante el año 2002 El Leoncito adquirió categoría de Parque Nacional. A mediados de la década de los ’90, el botánico Troels Myndel Pedersen cedió a la Nación el dominio de dos estancias de su propiedad que originaron el Parque Nacional Mburucuyá, en Corrientes, cuya Ley Nacional de creación fue sancionada en 2001.

Durante 1994 se crearon, por Decreto, dos nuevas categorías de áreas protegidas: la Reserva Natural Silvestre y la Reserva Natural Educativa. Al igual que la Reserva Natural Estricta estas categorías pueden ser aplicadas dentro de un área protegida ya establecida o en una creada a tal fin.

El año 1995 nació el Parque Nacional Campo de los Alisos, que protege un buen muestrario de los ambientes de las sierras de Aconquija, en Tucumán. Al año siguiente fueron los arbustales y cardonales de las serranías del noroeste los que pasaron a ser protegidos por el Parque Nacional Los Cardones, en Salta.

Durante los años 1997 y 1998 se crearon los Parques Nacionales Talampaya y San Guillermo, en La Rioja y San Juan respectivamente. El primero ampara un ambiente de Monte con importantes yacimientos paleontológicos y arqueológicos, además de las formaciones geológicas que lo hicieron mundialmente famoso; mientras que el segundo contiene una muestra de los ambientes más australes de la puna, con grandes concentraciones de vicuñas y guanacos.

Finalmente, en el 2000 se creó el Parque Nacional Copo, al noreste de Santiago del Estero, que alberga una porción bien conservada de los bosques chaqueños.

Debe señalarse también que en 1996 se declararon Monumento Naturales al huemul y a la taruca (o huemul del norte), dos cérvidos andinos cuyas poblaciones se hallan seriamente amenazadas. Ya en el 2001, se incorporó a esta misma categoría al yaguareté.

La nueva centuria contempló el nacimiento de varias áreas protegidas. Sobre las costas patagónicas de Santa cruz se creó, en 2004, el Parque Nacional Monte León. En 2006, la Reserva Nacional El Nogalar de los Toldos agregó una nueva muestra yungueña en Salta, mientras que, en 2009, se creó el primer Parque Nacional en la Provincia de Buenos Aires, Campos del Tuyú, protegiendo los cangrejales y pastizales de Bahía Samborombón; al tiempo que en el norte del Golfo San Jorge se creó el Parque Interjurisdiccional Marino Costero Patagonia Austral, en una nueva e ingeniosa estrategia de conservación que aúna los esfuerzos de la Nación y una provincia, en este caso Chubut, que cooperan en el manejo conjunto del área protegida.

Esta misma estrategia es la que permitió implementar en el noreste de las costas santacruceñas el Parque Interjurisdiccional Marino Isla Pingüino y, a la altura de Puerto San Julián, en la misma provincia, el Parque Interjurisdiccional Makenke; protegiendo ambos importantes sectores de la ecorregión del Mar Argentino.

En 2007 un acuerdo con el Ministerio de Defensa de la Nación permitió la creación de un Sistema de Reservas Naturales Militares actualmente denominadas Reservas de la Defensa, en predios de dominio de las Fuerzas Armadas que mantienen en buen estado su naturaleza original. Si bien estos predios no pierden su destino original –generalmente la de ser espacios para la instrucción del personal militar- esta nueva figura generó la posibilidad de que las actividades que en ellos se realicen no se contrapongan con la conservación de los mismos, tarea en la que la Administración de Parques Nacionales colabora.

Hasta el momento se han creado siete Reservas de la Defensa: Puerto Península (Misiones), Punta Buenos Aires (Chubut), Campo Mar Chiquita – Dragones de Malvinas (Buenos Aires), La Calera (Córdoba), Campo Garabato (Santa Fe), Isla El Tala (Santa Fe) y Baterías – Charles Darwin (Buenos Aires).

El 11 de diciembre de 2015, a partir del Decreto 13/2015, la Administración de Parques Nacionales fue transferida como órgano descentralizado al Ministerio de Medio Ambiente y Desarrollo Sustentable. Desde el 5 de septiembre de 2018, a través del Decreto 802/2018 que modificó la Ley de Ministerios y su conformación organizativa, Parques Nacionales actúa bajo la órbita de la Secretaría de Gobierno de Ambiente y Desarrollo Sustentable.