La orden de los franciscanos fue la primera en establecerse en Buenos Aires. En 1583, Juan de Garay le otorgó la manzana donde está ubicada la actual basílica. La primera iglesia se edificó a principios del siglo XVII, pero la actual comenzó a construirse hacia 1731, sobre un proyecto del arquitecto jesuita Andrés Blanqui, secundado por el sevillano fray Vicente Muñoz. Se inauguró el 25 de marzo de 1754.

En 1807 se derrumbó la fachada, reconstruida unos años más tarde por Tomás Toribio. En el atrio del convento adyacente, el 1º de diciembre de 1829, fue depuesto el gobernador de Buenos Aires, don Manuel Dorrego. El pueblo fue llamado a reunirse en el atrio de la capilla de San Roque y de la iglesia de San Francisco por el general Juan Lavalle, donde se realizó la llamada "elección del sombrero", que lo nombró gobernador.

La basílica adquirió su imagen actual hacia 1911, por obra del arquitecto alemán Ernesto Sackman, que inspirado en el barroco bávaro, alteró su severidad neoclásica. Las fachadas, sobre todo la principal, son muy elaboradas, destacándose las torres, las rejas del atrio y de la portada, y la cúpula.

La iglesia es de nave única, muy alargada, con capillas laterales poco profundas y presbiterio con testero recto. La cúpula se eleva sobre un alto tambor octogonal. El altar derecho del crucero es el único original; los de las capillas laterales son de 1911.

Fue uno de los templos más afectadas en los incendios de junio de 1955, cuando se destruyó totalmente el altar mayor. La restauración posterior simplificó cromáticamente el interior y en lugar del retablo destruido se colocó el tapiz diseñado por Horacio Butler La glorificación de San Francisco, que presenta imágenes de la Virgen, el árbol de la Orden y al santo rodeado de animales y mendigos.

Horacio Butler (1897-1983, Buenos Aires). *La glorificación de San Francisco, tapiz, 8m. x 12m, restaurado en 1972 por Santiago Larrochette y equipo.*


El templo fue declarado Monumento Histórico Nacional en 1942, por Decreto 120.412.