Benito José Goyena, nacido a fines del siglo XVIII en Buenos Aires, ingresó en la Escuela de Náutica del Real Consulado en 1801. En febrero de 1806 figuraba su nombre elogiosamente en el Acta del Consulado por las pruebas rendidas y, al año siguiente, ingresó en la Contaduría de la Marina, donde permaneció hasta 1810 con excelente desempeño.

El 12 de enero de 1811 Goyena fue designado oficial a cargo de la «Mesa de Cuenta y Razón de Marina», con asiento en el fuerte de Buenos Aires, y como tal responsable de la organización de la primera escuadrilla naval patriota. El cargo cubría las funciones que desempeñara desde agosto de 1810 Manuel Mutis como administrador de los fondos de la capitanía del puerto de Buenos Aires durante la Primera Junta. Estas tareas debieron ser asumidas unos meses después por Benito José Goyena, quien continuó participando del alistamiento de la flota de guerra.

Tras los sucesos de mayo de 1810, la Junta de Gobierno decidió organizar una flota que disputara a la española el dominio del Río de la Plata. La flota, comandada por el maltés Juan Bautista Azopardo —y conformada por tres buques tripulados por unos doscientos hombres reclutados entre los marineros de Buenos Aires—, fue organizada por Benito Goyena por Decreto del 12 de enero de 1811, en la que fue nombrado oficial de la Mesa de Cuenta y Razón de Marina, con base en el fuerte de Buenos Aires.

Al año siguiente fue designado 5º oficial y en agosto de 1814, Comisario de Marina de Estado, cargo del cual fue arbitrariamente separado. En febrero de 1821 recuperó su antiguo puesto y fue nuevamente nombrado en agosto de 1825, antes del conflicto con el Brasil. En 1827 pasó a desempeñarse como Comisario General de Marina, al reorganizarse por Decreto del 7 de abril de 1827.

Fue Goyena quien redactó la relación donde constaba la composición, los gastos y la tripulación de la escuadra nacional. Durante la gestión de Juan Manuel de Rosas, permaneció inactivo debido a que la dependencia donde él se desempeñaba salió del ámbito de la Marina. Tras la Batalla de Caseros, en 1852, fue restituido a su antiguo cargo de Comisario General de Marina y el 16 de enero de 1853 obtuvo el nombramiento de Coronel de Marina. En 1858 alcanzó el grado de Coronel de Marina y el cargo de Contador General de la Nación; en tanto que al año siguiente fue nombrado Contador Mayor del Estado, cargo que desempeñó hasta marzo de 1865. Falleció víctima de la fiebre amarilla el 19 de marzo de 1871.

Acompañando al Almirante Brown durante toda su vida, marcó una estela indeleble en la función pública por casi 60 años. Un buque de la Armada llevó su nombre, el Aviso ARA Goyena (1943-1982), el cual prestó servicios como buque oceanográfico. Por resolución ministerial del 23 de abril de 1948 es considerado el fundador de los servicios logísticos de la Armada Argentina.