La Dirección Nacional de Asuntos Técnicos de Fronteras tiene como misión y función:
Coordinar las acciones que desarrollan los organismos nacionales en los centros de fronteras.
Administrar los centros de fronteras.
Llevar a cabo las tareas inherentes a la tramitación de los permisos de explotación de servicios complementarios en los complejos fronterizos y las autorizaciones de construcciones y mejoras a cargo de la secretaria de interior.
Representar a la secretaria de interior en el subcomité técnico de controles y operatoria de frontera del ct 2 "Asuntos aduaneros del Mercosur" y en las reuniones binacionales sobre temas fronterizos.
Mantener actualizado el registro de inmuebles correspondientes a los complejos fronterizos bajo la administración de la secretaria de interior.
Administrar la base de datos de centros de fronteras y de transferencia de inmuebles en zona de seguridad.