Las comisiones son creadas por la Asamblea del COFEMA, y pueden ser permanentes o transitorias. Cada una cuenta con un coordinador titular, uno alterno y una secretaría de actas. Estas pueden funcionar de manera presencial o también virtual, para asegurar la continuidad de sus actividades.
Comisiones vigentes para el período 2025:
| Comisión | Coordinador titular | Alterno | Secretaría de Actas |
|---|---|---|---|
| Asesoramiento legislativo | San Juan | Neuquén | Chaco |
| Biodiversidad | Entre Ríos | Misiones | Santa Fe |
| Bosques nativos | Jujuy | Tucumán | Chaco |
| Cambio climático y calidad de aire | La Pampa | Jujuy | Ciudad Autónoma de Buenos Aires |
| Educación ambiental | Buenos Aires | San Luis | Santiago del Estero |
| Impacto ambiental | Ciudad Autónoma de Buenos Aires | Catamarca | Río Negro |
| Prevención del fuego | Jujuy | Chubut | Santiago del Estero |
| Residuos | Córdoba | Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur | Santa Fe |
| Áreas naturales protegidas provinciales | Misiones | Mendoza | Tucumán |
| Transición energética y energías limpias | Mendoza | Ciudad Autónoma de Buenos Aires | Chubut |
| Suelos y desertificación | Chaco | Entres Ríos | Formosa |
| Cuencas hídricas y ecosistemas acuáticos | Entre Ríos | Corrientes | Mendoza |