Las Comisiones son creadas por la Asamblea del COFEMA, pudiendo ser de carácter transitorio por el período de un año, en que se establecen las Autoridades del Consejo.
Durante la Asamblea los representantes provinciales ante el Consejo nombrarán un coordinador para garantizar el funcionamiento de la Comisión, generar informes que les sean requeridos por la Asamblea, informar a la Secretaría Ejecutiva sobre la agenda de reuniones, los registros de convocatoria, consulta y funcionamiento.
Estas Comisiones podrán funcionar a través de procesos de consulta por medios electrónicos, permitiendo de este modo un permanente funcionamiento de las mismas. Anualmente el COFEMA viene efectuando la integración de las Comisiones para el período.
Para el período 2020, se establecieron las siguientes Comisiones:
Comisión de Asesoramiento Legislativo
Coordinador: representante de la Provincia de Formosa. Alterno: representante de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Secretario de Actas: representante de la Provincia de San Juan
Comisión de Biocidas
Coordinador: representante de la Provincia de Chaco. Alterno: representante de la Provincia de Entre Ríos. Secretario de Actas: representante de la Provincia de Buenos Aires
Comisión de Biodiversidad
Coordinador: representante de la Provincia de Misiones. Alterno: representante de la Provincia de Chubut. Secretario de Actas: representante de la Provincia de Tucumán
Comisión de Bosques Nativos
Coordinador: representante de la Provincia de San Luis. Alterno: representante de la Provincia de Chubut. Secretario de Actas: representante de la Provincia de Tucumán
Comisión de Cambio Climático
Coordinador: representante de la Provincia de La Pampa. Alterno: representante de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Secretario de Actas: representante de la Provincia de Buenos Aires
Comisión de Educación Ambiental
Coordinador: representante de la Provincia de Buenos Aires. Alterno: representante de la Provincia de Santiago del Estero. Secretario de Actas: representante de la Provincia de Tierra del Fuego
Comisión de Género y Ambiente
Coordinador: representante de la Provincia de Santa Fe. Alterno: representante de la Provincia de San Luis. Secretario de Actas: representante de la Provincia de Tierra del Fuego
Comisión de Impacto Ambiental
Coordinador: representante de la Provincia de Santa Cruz. Alterno: representante de la Provincia de Corrientes. Secretario de Actas: representante de la Provincia de Mendoza
Comisión de Ordenamiento Territorial
Coordinador: representante de la Provincia de Córdoba. Alterno: representante de la Provincia de Santiago del Estero. Secretario de Actas: representante de la Provincia de Misiones
Comisión de Residuos
Coordinador: representante de la Provincia de San Juan. Alterno: representante de la Provincia de Tierra del Fuego. Secretario de Acta: representante de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires