Las Comisiones son creadas por la Asamblea del COFEMA, pudiendo ser de carácter transitorio por el período de un año, en que se establecen las Autoridades del Consejo.

Durante la Asamblea los representantes provinciales ante el Consejo nombrarán un coordinador para garantizar el funcionamiento de la Comisión, generar informes que les sean requeridos por la Asamblea, informar a la Secretaría Ejecutiva sobre la agenda de reuniones, los registros de convocatoria, consulta y funcionamiento.

Estas Comisiones podrán funcionar a través de procesos de consulta por medios electrónicos, permitiendo de este modo un permanente funcionamiento de las mismas. Anualmente el COFEMA viene efectuando la integración de las Comisiones para el período.

Para el período 2023 se establecieron las siguientes Comisiones:

Asesoramiento legislativo

Coordinador titular: representante de la provincia de Formosa.
Coordinador alterno: representante de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Jujuy.

Biocidas

Coordinador titular: representante de la provincia de Chaco.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Entre Ríos.
Secretaría de actas: representante de la provincia de La Pampa.

Biodiversidad

Coordinador titular: representante de la provincia de Catamarca.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Misiones.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Chaco.

Bosques nativos

Coordinador titular: representante de la provincia de Chubut.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Chaco.
Secretaría de actas: representantes de las provincias de Misiones.

Cambio climático

Coordinador titular: representante de la provincia de Santa Fe.
Coordinador alterno: representante de la Neuquén.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Santiago del Estero.

Cuencas hídricas

Coordinador titular: representante de la provincia de Corrientes.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Entre Ríos.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Chubut.

Educación ambiental

Coordinador titular: representante de la provincia de Tucumán.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Santa Fe.

Género y ambiente

Coordinador titular: representante de la provincia de Córdoba.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Jujuy.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Río Negro.

Impacto ambiental

Coordinador titular: representante de la provincia de Santa Cruz.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Buenos Aires.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Córdoba.

Ordenamiento territorial

Coordinador titular: representante de la provincia de Misiones.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Santiago del Estero.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur.

Prevención del fuego

Coordinador titular: representante de la provincia de Neuquén.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Entre Ríos.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Santa Cruz.

Residuos

Coordinador titular: representante de la provincia de Río Negro.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Catamarca.
Secretaría de actas: representante de Jujuy.

Áreas naturales protegidas provinciales

Coordinador titular: representante de la provincia de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Formosa.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Salta.

Transición energética y energías limpias

Coordinador titular: representante de la provincia de Santa Fe.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Corrientes.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Rio Negro.

Financiamiento para la sustentabilidad

Coordinador titular: representante de la provincia de Córdoba.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Chaco.
Secretaría de actas: representante de la provincia de San Juan.

Juventudes

Coordinador titular: representante de la provincia de La Pampa.
Coordinador alterno: representante de la provincia de Mendoza.
Secretaría de actas: representante de la provincia de Salta.