Las Comisiones son creadas por la Asamblea del COFEMA, pudiendo ser de carácter transitorio por el período de un año, en que se establecen las Autoridades del Consejo.
Durante la Asamblea los representantes provinciales ante el Consejo nombrarán un coordinador para garantizar el funcionamiento de la Comisión, generar informes que les sean requeridos por la Asamblea, informar a la Secretaría Ejecutiva sobre la agenda de reuniones, los registros de convocatoria, consulta y funcionamiento.
Estas Comisiones podrán funcionar a través de procesos de consulta por medios electrónicos, permitiendo de este modo un permanente funcionamiento de las mismas. Anualmente el COFEMA viene efectuando la integración de las Comisiones para el período.
Para el período 2019, se establecieron las siguientes Comisiones:
Comisión de Áreas Protegidas y Biodiversidad
Coordinador representante de la Provincia de Misiones, Alterno representante de la Provincia de Chubut, Secretario de Actas representante de la Provincia de Córdoba.
Comisión de Asesoramiento Legislativo
Coordinador representante de la Provincia de La Rioja, Alterno representante de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires y Secretario de Actas representante de la Provincia de Misiones.
Comisión de Biocidas
Coordinador representante de la Provincia de Chaco, Alterno representante de la Provincia de Santa Fe y Secretario de Actas representante de la Provincia de San Luis.
Comisión de Bosques Nativos
Coordinador representante de la Provincia de Santiago del Estero, Alterno representante de la Provincia de Santa Cruz y Secretario de Actas representante de la Provincia de San Luis.
Comisión de Cambio Climático
Coordinador representante de la Provincia de Tierra del Fuego, Alterno representante de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires y Secretario de Actas representante de la Provincia de Córdoba.
Comisión de Ciudades Sustentables
Coordinador representante de Nación, Alterno representante de la Provincia de Santa Fe y Secretario de Actas representante de la Provincia de San Juan.
Comisión de Educación Ambiental
Coordinador representante de la Provincia de San Luis, Alterno representante de la Provincia de Río Negro y Secretario de Actas representante de la Provincia de Misiones.
Comisión de Glaciares
Coordinador representante de la Provincia de Catamarca, Alterno representante de la Provincia de La Rioja y Secretario de Actas representante de la Provincia de Tierra del Fuego.
Comisión de Hidrocarburíferos
Coordinador representante de la Provincia de Salta, Alterno representante de la Provincia de Neuquén y Secretario de Actas representante de la Provincia de Mendoza.
Comisión de Impacto Ambiental
Coordinador representante de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Alterno representante de la Provincia de Corrientes y Secretario de Actas representante de la Provincia de Santa Cruz.
Comisión de Producción Más Limpia
Coordinador representante de la Provincia de Santa Fe, Alterno representante de la Provincia de San Luis y Secretario de Actas representante de la Provincia de Chaco.
Comisión de Residuos
Coordinador representante de la Provincia de San Juan, Alterno representante de la Provincia de Mendoza y Secretario de Actas representante de la Provincia de Río Negro.