Las comisiones son creadas por la Asamblea del COFEMA, y pueden ser permanentes o transitorias. Cada una cuenta con un coordinador titular, uno alterno y una secretaría de actas. Estas pueden funcionar de manera presencial o también virtual, para asegurar la continuidad de sus actividades.
Comisiones vigentes para el período 2026:
| Comisión | Coordinador titular | Alterno | Secretaría de Actas |
|---|---|---|---|
| Asesoramiento legislativo | San Juan | Buenos Aires | Chaco |
| Biodiversidad | Catamarca | Misiones | Santa Fe |
| Bosques nativos | Jujuy | Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur | Tucumán |
| Cambio climático y calidad de aire | La Pampa | Jujuy | Corrientes |
| Educación ambiental | Buenos Aires | Río Negro | Córdoba |
| Impacto ambiental | Ciudad Autónoma de Buenos Aires | Río Negro | Catamarca |
| Prevención del fuego | Chubut | Río Negro | Mendoza |
| Residuos | Córdoba | Jujuy | San Juan |
| Áreas naturales protegidas provinciales | Chubut | Mendoza | Tucumán |
| Transición energética y energías limpias | Ciudad Autónoma de Buenos Aires | Mendoza | Chubut |
| Suelos y desertificación | Formosa | Catamarca | Chaco |
| Cuencas hídricas y ecosistemas acuáticos | Entre Ríos | Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur | Santa Fe |