Durante esta tercera etapa, se diseñan el esquema de gobernanza, los instrumentos de política para la implementación y un sistema de monitoreo y evaluación para medir el progreso de las actividades planificadas hacia el cumplimiento de las metas y objetivos de las misiones.

Procedimientos metodológicos:

a. Definición de los instrumentos de política para el apoyo a la cartera de innovación.
b. Análisis y diseño de estructuras de gobernanza, cambios y arreglos institucionales y organizativos adecuados para el cumplimiento de la misión.
c. Diseño del sistema de aprendizaje, monitoreo y evaluación.

En esta etapa, se seguirá trabajando en mesas de trabajo de conformación multiactoral.