El Banco Nacional de Datos Genéticos se creó en 1987 durante la presidencia del Dr. Raúl Alfonsín por Ley 23511, gracias a la lucha y perseverancia de las personas que integran la organización Abuelas de Plaza de Mayo en la búsqueda de sus nietos y para poder realizar pruebas genéticas de filiación entre nietos y abuelos, porque sus padres habían sido secuestrados y desaparecidos por el Terrorismo de Estado hasta el 10 de diciembre de 1983.

Estas mujeres recorrieron el mundo, se reunieron con destacados científicos en distintas instituciones (algunos de ellos argentinos exiliados), para buscar la forma de que la sangre de las abuelas y abuelos pudiese servir para identificar a esos nietos.

Finalmente, el Dr. Victor Penchaszadeh, genetista argentino exiliado en Estados Unidos, las contactó en 1982 con la genetista estadounidense Mary-Claire King quien junto a un equipo de investigadores logró llegar a lo que se conocería más tarde como índice de abuelidad, un procedimiento científico que permite determinar la filiación de un niño en ausencia de sus padres mediante el análisis de material genético de sus abuelos y abuelas. La ciencia había escuchado el reclamo de la sociedad y estaba dando una respuesta.

Surgiría en los años siguientes la necesidad de crear un banco como espacio de obtención, almacenamiento y análisis de las muestras genéticas necesarias para el esclarecimiento de delitos de lesa humanidad en Argentina, que garantizara así la conservación de los perfiles genéticos de cada uno de los miembros de las familias que sufrieron el secuestro y desaparición de algún integrante y que depositaran sus muestras en él.

Desde su creación en 1987, por entonces dependiente del Poder Ejecutivo Nacional y con sede en el Servicio de Inmunología del Hospital "Carlos A. Durand" de la Ciudad de Buenos Aires, desarrolló una base de datos apoyada en muestras genéticas y realizó miles de análisis en niños/as sospechados de ser hijos de desaparecidos y de haber sido apropiados por represores. Como resultado de ese proceso se identificaron a la fecha más de 120 nietos.

En 2009 el BNDG pasó a funcionar como organismo autónomo y autárquico bajo la jurisdicción del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva , a partir de la sanción de la Ley 26.548.

El traslado del equipamiento, los perfiles genéticos digitales, las muestras biológicas, los archivos, los legajos judiciales y los insumos a la nueva sede ubicada en Av. Córdoba 831 estuvo a cargo de los Dres. Héctor Targovnik y Víctor Penchaszadeh y contó con la presencia de veedores de diferentes organismos e instituciones.

Los veedores asignados al procedimiento de auditoría y traslado fueron:

• Por la Comisión Nacional por el Derecho a la Identidad (CONADI) de la Secretaría de Derechos Humanos de la Nación: Sr. Manuel Goncalves Granada y Dra. Mirta Gladys Herrera;
• Por la Procuraduría General de la Nación: Dr. Pablo Parenti, Dra. María Laura Ramírez y Dra. Mariana Inés Cahn;
• Por el Ministerio Público de la Defensa: Dra. Patricia Schuvaks y CPN. Leticia Ridelener;
• Por la Defensoría General de la Nación: Sr. Carlos Tavares, Lic. María Eugenia Serrano, CPN Luciana Baltuska y Sr. Claudio Bernardo Caracciolo.

Los servicios del BNDG para los fines establecidos por la ley son gratuitos. A partir de la promulgación de la Ley 26548, la institución dejó de hacer análisis genéticos a personas que no eran sospechadas de ser víctimas de crímenes de lesa humanidad, como pruebas de paternidad y otras de índole civil o criminal. La realización de tales pruebas de identificación genética de índole criminal está en la órbita de la Justicia, que las asigna a laboratorios de genética forense con los cuales tiene convenios.