Nacido el 7 de diciembre de 1766 en la ciudad de Salta y perteneciente a una familia con títulos nobiliarios, Francisco era hijo de Pedro Antonio de Gurruchaga y Aizaga, militar y comerciante adinerado; y de Manuela Fernández Pedroso y Aguirre, descendiente de los primeros pobladores.

A la edad de 8 años fue llevado a España, donde estudió en el Seminario de Nobles de Madrid, y obtuvo el título de Bachiller en Derecho y Jurisprudencia en la Universidad de Granada. Junto a su hermano, estuvo a cargo de la filial de Cádiz del comercio de su padre y también estuvo a cargo del Gabinete de Correo del Rey. En 1805, a bordo del navío “Nuestra Señora de la Santísima Trinidad”, luchó en la Batalla de Trafalgar como Teniente de Fragata comandado por el Brigadier de Mar Baltasar Hidalgo de Cisneros. Su actuación fue destacada al tratar de impedir que el buque del Almirante Nelson cortara la línea aliada y para ello puso la embarcación proa al viento intercambiando disparos con el HMS “Victory”.

Para 1809, y bajo la sospecha de haber formado parte de una organización secreta que buscaba la liberación de la Patria ante la invasión de Napoleón Bonaparte, Gurruchaga volvió a Argentina. Inmediatamente comenzó a expandir la doctrina independentista que durante esos años se había estado desarrollando.

Así, participó de los sucesos de 1810, siendo elegido Diputado de la Primera Junta por Salta y en 1813 miembro de la Asamblea General. En este período desarrolló una tarea sumamente importante y eficaz al crear con muy pocos medios la primera escuadrilla patriota que disputaría el control del Río de la Plata a los realistas.

Dicha empresa le fue muy dificultosa, ya que existían escasos recursos financieros y una ausencia de marinería nativa –fundamentalmente de oficiales–. La Junta encomendó la extraordinaria tarea de crear un cuerpo de Marina a dos de sus miembros: Francisco de Gurruchaga y Juan Bautista Azopardo.

Tomaron cinco buques mercantes comprados a particulares, tres de los cuales fueron armados apresuradamente: un bergantín, una goleta y una balandra. Con estos elementos y con mucho valor militar, la Junta de Buenos Aires pretendía dominar a las aguerridas velas españolas afincadas en Montevideo. “Invencible”, “25 de Mayo” y “América” fueron los buques que, con sus nombres, ya designaban la consigna patriótica.

Desde 1813 hasta su muerte, el 20 de diciembre de 1846, estuvo a cargo de la administración de correos de Salta, llegando al extremo de mantener de su propio peculio todos los gastos durante esos años.

Sus restos descansan en las bóvedas de la Basílica y Convento de San Francisco de la ciudad de Salta.

En su honor, la Armada Argentina bautizó el 14 de julio de 1975 al aviso ARA “Francisco de Gurruchaga”, el cual tuvo una destacada actuación durante la Guerra de Malvinas; y al año siguiente, en su provincia natal, abrió el Liceo Naval Militar “Doctor Francisco de Gurruchaga”, instituto de enseñanza para cadetes femeninas, que funcionó hasta 1996.