El Área Naval Fluvial fue creada el 16 de diciembre de 1974 y actualmente tiene su asiento en la ciudad de Zárate.

Tiene como misión ejecutar operaciones de control de tránsito y vigilancia de los espacios fluviales, mantener presencia en los ríos y puertos dentro de su área de influencia, ejercer como autoridad de coordinación en las actividades conjuntas y combinadas dentro de su jurisdicción, apoyar y prever el embarco de alumnos de los institutos de formación en unidades de la División Patrullado Fluvial y conducir y supervisar el adiestramiento integrado de los medios navales de superficie y del Batallón de Infantería de Marina N° 3.

El Comando del Área Naval Fluvial está organizado bajo un Comandante, que es también Jefe de la Base Naval. El comando tiene como función general ejercer el comando orgánico de las unidades y organismos asignados, el comando operacional de ellos y de las fuerzas y unidades aeronavales y de Infantería de Marina que se designen, y coordinar el apoyo logístico y operativo de otros medios del poder naval que operen en su jurisdicción.

Como unidad orgánica dependiente del Área, se destaca la División Patrullado Fluvial compuesta por los Patrulleros ARA “King”, los Buques Multipropósitos ARA “Ciudad de Rosario“ y ARA “Ciudad de Zárate” y la Lancha Patrullera ARA “Río Santiago”, y como unidad funcional el Batallón de Infantería de Marina N° 3. De este Comando dependen también el Apostadero Naval Buenos Aires y el Apostadero Naval Posadas.

El área geográfica de su jurisdicción comprende las provincias de Misiones, Corrientes, Chaco, Formosa, Santa Fe, Entre Ríos y Buenos Aires, los ríos y vías navegables de la Cuenca del Plata, limítrofes e interiores y el Río de la Plata hasta la línea materializada por Punta Rasa y Punta del Este.