El Comando del Área Naval Austral fue creado el 16 de diciembre de 1974.

La importancia estratégica derivada de su ubicación geográfica se evidencia en las tareas que cumple como custodia de los pasajes bioceánicos y de la proyección argentina a la Antártida.

Para cumplir con estos fines, el Comando del Área Naval Austral está organizado con un Comandante que es también Jefe de la Base Naval, la Agrupación de Lanchas Rápidas, el Hospital Naval Ushuaia, la Intendencia Naval, las bases aeronavales de Ushuaia y Río Grande y el Apostadero Naval Puerto Deseado y, funcionalmente, la Fuerza de Infantería de Marina Austral.

La Agrupación Lanchas Rápidas consta de las embarcaciones: ARA "Indómita", ARA "Intrépida", ARA "Baradero", ARA "Barranqueras", ARA "Concepción del Uruguay" y ARA "Clorinda", además del Aviso ARA "Islas Malvinas", la Lancha Patrullera ARA “Zurubí” y el Remolcador "Toba".

El Comando del Área Naval Austral cumple una importante tarea relacionada con la Búsqueda y Rescate de naves en emergencia en alta mar, el control del mar y sus recursos, y el tráfico marítimo en el Canal Beagle.