El Ente Nacional es un organismo de carácter autárquico, creado en 2021 a través del Decreto de Necesidad y Urgencia Nº 556/21 y bajo el ámbito del Ministerio de Transporte de la Nación, que garantiza el seguimiento y la fiscalización de la prestación de los servicios que se brindan en la Vía Navegable Troncal y cuenta con la participación de las siete provincias ribereñas.

El mismo tiene como principal objetivo proteger a todos los usuarios y usuarias, resguardar los bienes de dominio público y privado del Estado nacional, llevar adelante el proceso licitatorio nacional e internacional para la adjudicación de las obras y fiscalizar el cumplimiento de las leyes, reglamentos, cuestiones ambientales y económico-financieras de la concesión de obra pública para el desarrollo de las tareas de modernización, ampliación, operación y mantenimiento de la Vía Navegable Troncal.

A través del Ente se obtendrá una mayor participación de las provincias y del Estado nacional en la formulación de políticas para la vía navegable.