El secretario ejecutivo es el Subsecretario de Puertos, Vías Navegables y Marina Mercante del Ministerio de Transporte de la Nación, Leonardo Cabrera.

La Secretaría Ejecutiva del Consejo Federal Hidrovía (CFH) tendrá las siguientes competencias y funciones:

a. Asistir al Plenario Federal en el desarrollo de sus funciones, efectuando las tareas de coordinación, convocatoria, organización de sus reuniones y todas aquellas tareas que sean acordadas y encomendadas.

b. Comunicar la convocatoria al Plenario Federal con indicación del día, la hora y el lugar de la reunión o, en su caso, la forma de conectarse en forma virtual y el orden del día a considerar.

c. Llevar un registro de actas de las reuniones, donde se detallen las asistencias a las sesiones, los temas tratados y las opiniones expresadas.

d. Elaborar los documentos y/o recomendaciones que el Plenario Federal haya decidido realizar.

e. Elaborar una memoria anual de lo actuado por el Consejo Federal Hidrovía, propiciando la publicación y debida comunicación a las jurisdicciones e interesados.

f. Facilitar la conformación de las comisiones de trabajo y efectuar tareas de articulación entre las comisiones.

g. Integrar y asistir como Secretaría Ejecutiva las distintas comisiones de trabajo.

h. Realizar con las acciones y/o actividades encomendadas por el presidente del Consejo Federal Hidrovía.