Anteriormente el dragado y balizamiento de la Vía Navegable Troncal estuvieron concesionados desde 1995 a la empresa Hidrovía S.A. Aquel contrato establecía el mantenimiento del canal entre el Puerto de Santa Fe hasta recalada (boya km 239 D). Luego, en el año 2010, la concesión se renovó junto con la extensión de las condiciones del contrato, que le otorgaba a la empresa el mantenimiento de la vía desde el océano hasta Confluencia, en el km 1438 A.

Desde el 11 de septiembre del año 2021, a partir del Decreto Nº 427/21, la Administración General de Puertos (AGP) administra y gestiona la VNT y lleva adelante el cobro del peaje por el mantenimiento y la señalización. Garantiza las tareas de dragado y de balizamiento y supervisa las condiciones de la vía mediante controles hidrométricos. Además, esta administración tiene un rol fundamental aportando nueva y mejor información con el objetivo de garantizar el acceso a la información pública.

AGP asumió la gestión en medio de la bajante histórica del Río Paraná y del Río de la Plata; es no sólo la peor que se haya registrado, si no también la de mayor duración, lo cual dificulta en gran medida las operaciones. Sin embargo, a pesar de esta situación, no hubo incidentes ni frenos al transporte fluvial.

El 30 de julio de 2022, mediante la Resolución Nº 515/22, se extendió la concesión de la AGP con la cual se renueva la confianza en su capacidad de trabajo y experiencia, y se reconoce la competencia técnica de sus profesionales, logrando que la AGP sea destacada por el sector público y privado de todo el país.