Además del Control fronterizo y de los controles de ingreso a zonas de estatus zoofitosanitario diferenciado, el Senasa también establece Puestos de Control de Ruta fijos y móviles para los transportes de carga comercial de mercadería de su competencia que realizan tránsito federal.

Estos controles se ubican en lugares estratégicos en virtud del volumen de tránsito, estacionalidad productiva y/o rutas sanitarias programadas.