Los objetivos específicos del PNCCR son:

• Promover la inclusión de programas de prevención y control del cáncer colorrectal en las diferentes jurisdicciones del país.
• Difundir y concientizar a la comunidad sobre las ventajas de la prevención y detección temprana del cáncer colorrectal.
• Fortalecer los recursos necesarios para su implementación y los métodos de diagnóstico y tratamiento del CCR.
• Mejorar los circuitos de consulta especializada, derivación, seguimiento y tratamiento de la enfermedad.
• Unificar criterios para el control, tratamiento y seguimiento de los grupos de mayor riesgo de cáncer colorrectal.
• Proponer la pesquisa del cáncer colorrectal en personas de riesgo promedio.
• Asegurar la accesibilidad de las acciones para la prevención, el diagnóstico temprano y el control de la enfermedad a toda la población.
• Promover la ampliación del programa en los otros sectores de salud (Ej. seguridad social) para lograr el acceso a toda la población objetivo independientemente de su cobertura de salud.
• Favorecer la potenciación de las acciones mediante convenios de colaboración con asociaciones civiles, sociedades científicas y ONGs con misiones y objetivos similares.
• Facilitar la formación y capacitación del recurso humano necesario en cada una de las etapas del programa y en el nivel de conducción.
• Asegurar las garantías de calidad de los componentes del programa y su sostenibilidad.
• Establecer un sistema de información estratégica que incluya la vigilancia epidemiológica, el monitoreo y la evaluación de la calidad y el impacto del programa.
• Favorecer la investigación y desarrollo de adelantos en aspectos organizativos, prestación de servicios o nuevas tecnologías que permitan mejorar los resultados del programa.