Las cuencas hidrográficas y los acuíferos son reconocidos como la unidad territorial más adecuada para la planificación y gestión coordinada de los recursos hídricos, debido a que el movimiento de las aguas no reconoce límites político-administrativos, sino leyes de la física. La consideración de la totalidad de las ofertas y demandas de agua en una cuenca permite detectar las mejores oportunidades para su uso, anticipando conflictos y minimizando impactos negativos a terceros o al ambiente (Principios Rectores de Política Hídrica, 2003).

La Constitución Nacional de 1994 establece que corresponde a las provincias el dominio originario de los recursos naturales existentes en su territorio. En este sentido, cada provincia y la Ciudad Autónoma de Buenos Aires (CABA) tienen normativas que regulan el uso del agua en su jurisdicción. Desde el año 2003, Argentina cuenta con los Principios Rectores de Política Hídrica (PRPH) y el Acuerdo Federal del Agua del Consejo Hídrico Federal, que fueron elaborados y consensuados por las provincias, CABA y el Estado Nacional.

Conforme establecen los PRPH, las organizaciones de cuenca constituyen un ámbito propicio para la gestión coordinada y participativa de los recursos hídricos, facilitando la articulación entre las jurisdicciones que la conforman y la coordinación intersectorial del uso del agua.

Desde la Subsecretaría de Recursos Hídricos de la Nación se promueve la institucionalización y el fortalecimiento de las organizaciones de cuenca interjurisdiccionales, a fin de que funcionen como máxima instancia de cooperación y colaboración para la gestión integrada de los recursos hídricos.

Algunas organizaciones de cuenca interjurisdiccionales se han institucionalizado mediante Acuerdos, conformando Organismos ratificados por leyes provinciales y nacionales, mientras que otras constituyen ámbitos de trabajo coordinado y/o conjunto entre las jurisdicciones que conforman la cuenca. A veces, cualquiera de estas entidades de cuenca son llamadas, de manera genérica, comité de cuenca.

Existen también cuencas hidrográficas y acuíferos que atraviesan los límites políticos internacionales. Los recursos hídricos compartidos con otros países deben gestionarse de acuerdo a los principios internacionalmente aceptados de uso equitativo y razonable, obedeciendo al deber de información y consulta previa, a fin de no ocasionar perjuicio sensible entre las partes.

Las decisiones sustentadas por la República Argentina ante otros países, requieren la concertación previa y la representación específica de las provincias titulares del dominio de las aguas. En consecuencia, cada comité interjurisdiccional involucrado designa un miembro para integrarse a las actividades de las delegaciones argentinas en las comisiones y organizaciones internacionales de las que el país participa.