La SIPH participa de la gestión conjunta de los siguientes recursos compartidos:

• Cuenca del Plata
• Río de la Plata
• Río Uruguay
• Río Paraná
• Alta Cuenca del Río Bermejo y el Río Grande de Tarija
• Río Pilcomayo
• Represa de Yacyretá
• Represa de Salto Grande
• Cuencas hidrográficas compartidas con Chile
• Acuífero Guaraní

Además, en el ámbito internacional, participa en la Red Internacional de Organismos de Cuencas (RIOC), la Red Interamericana de Recursos Hídricos (RIRH), la Red Latinoamericana y del Caribe de Organismos de Cuencas (RELOC), y el Programa Hidrológico Internacional de la UNESCO(PHI), entre otros.