En 1985 y años siguientes, la Secretaría de Infraestructura y Política Hídrica participó en la solución de un conflicto entre las provincias de Buenos Aires, Córdoba y La Pampa, que finalizó cuando la Corte Suprema de Justicia estableció límites a los caudales que podrían ingresar a La Pampa desde Córdoba y a Buenos Aires desde La Pampa, sobre la base de la información provista por las partes y la Secretaría de Infraestructura y Política Hídrica, que incluyó un estudio hidrológico realizado por la empresa Franklin Consult.

En 1998 se constituyó, con la participación de las provincias mencionadas, Santa Fe y la Secretaría de Infraestructura y Política Hídrica, el Comité Técnico del Río Quinto y Areas de Derrame, el que contrató al INA - Centro Regional Litoral para actualizar el estudio hidrológico realizado por la empresa Franklin Consult en 1986. El estudio fue presentado a los Intendentes del sur de Córdoba, noreste de La Pampa y noroeste de Buenos Aires, en 2000 y contribuyó a mejorar las relaciones entre ellos, al demostrar que las inundaciones no eran consecuencia del río Quinto sino de la lluvia caída en las mismas zonas inundadas.

El Comité Técnico acordó promover la constitución del Comité de la Región Hídrica del Noroeste de la Llanura Pampeana, integrado por los gobernadores de las provincias mencionadas y de la provincia de San Luis y por el Ministro del Interior, que será creado mediante un Tratado Interjurisdiccional. El objetivo del Comité Interjurisdiccional será impulsar nuevos estudios y obras y la definición de cómo implementar un plan de gestión integrado de las obras que asegure la coordinación interprovincial.

Adicionalmente, el Comité impulsó la contratación de una continuación del estudio hidrológico del INA, mediante un trabajo de monitoreo de caudales y sedimentos en el río Quinto y la simulación de su comportamiento y el de la laguna El Siete. Los Términos de Referencia ya fueron acordados pero su financiamiento fue postergado por la crisis financiera.
También se ha acordado hacer otro estudio hidrológico para delimitar el alcance geográfico de la Región Hídrica. El Comité Técnico también consideró el impacto sobre la provincia de Buenos Aires de las obras de regulación y descarga que proyecta realizar La Pampa, así como el impacto en La Pampa de las obras de regulación y descarga propuestas por la provincia de Córdoba.