El Consorcio Proyecto PAIS -creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación- presenta en su último informe la caracterización genómica completa de SARS-CoV-2 de 212 muestras obtenidas de pacientes con diagnóstico de COVID-19 en la Provincia de Santa Fe entre marzo y diciembre de 2020, en el marco de la primera ola de COVID-19. Las secuencias obtenidas corresponden a seis linajes reportados previamente en el país: B.1.499 (56%), N.5 (35.4%), N.3 (1,4%), B.1 (4,7%), B.1.1 (1,4%) y B.1.1.28 (0,9%). Particularmente, se observó que el linaje B.1.499, identificado con mayor frecuencia entre junio y octubre, se vio desplazado por el linaje N.5, detectado mayormente entre noviembre y diciembre.

Primera ola de la pandemia
El informe, que abarca desde el 23 de marzo al 22 de diciembre de 2020 (SE 13/2020 a SE 52/2020) e incluye muestras de individuos residentes en 58 localidades con transmisión comunitaria en toda la provincia, identifica la introducción, circulación y establecimiento de los linajes de SARS-CoV-2.

El primer caso reportado en la provincia data del 14 de marzo de 2020, pero recién a partir de julio comienza a registrarse un aumento de casos, la mayoría correspondientes a los departamentos más poblados. Al día 20 de abril de 2021 se reportaron 256.120 casos confirmados, 234.934 recuperados y 4.367 fallecidos, y al 22 de diciembre de 2020, el total fue de 168.607 casos, 155.904 recuperados y 2.754 fallecidos.

Mediante análisis filogenético se determinó que todas las secuencias de la provincia de Santa Fe pertenecieron al linaje B.1 o sus (sub)linajes derivados, que posee amplia distribución tanto a nivel mundial como en Argentina. Se encontraron representantes de los linajes B.1.499 (119 secuencias: 56,1 %), N.5 (75 secuencias: 35,4 %), N.3 (3 secuencias: 1,4 %), B.1 (10 secuencias: 4,7 %), B.1.1 (3 secuencias: 1,4 %) y B.1.1.28 (2 secuencias: 0,9 %).

Estos linajes corresponden a los virus que inicialmente fueron los principales causantes de los brotes en Europa y América del Norte, como el B.1 y el B.1.1, o bien, son derivados de linajes originarios de Brasil como el B.1.1.33 (y sus derivados N.3 y N.5) o el B.1.1.28 (que resulta el linaje ancestral de la variante 501Y.V3 (linaje P.1, Manaos) y del linaje P.2 (Río de Janeiro). En el reporte se describe la formación de grupos asociados con transmisión dentro de la provincia, su asociación con virus de otras provincias y secuencias de otros países.

Participaron en este reporte
El análisis e interpretación de los resultados fue realizado por los integrantes de los nodos de secuenciación de la provincia de Santa Fe (Rosario y Rafaela) y el nodo evolución de Santa Fe (Grupo Virología Humana (IBR-CONICET/UNR) y Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas (UNR).

Nodo de toma, procesamiento de muestras clínicas y análisis epidemiológicos: Centro de Tecnología en Salud Pública, Hospital Provincial del Centenario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas (UNR) y Grupo Virología Humana, IBR-CONICET/UNR; IDICER-CONICET/UNR y Facultad de Ciencias Médicas (UNR); Laboratorios privados de la ciudad de Rosario; Laboratorio Central de Santa Fe.

Nodo de secuenciación de Rosario: Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas (UNR) y Secretaría de Ciencia, Tecnología e Innovación de Santa Fe; CIFASIS-CONICET/UNR y Facultad de Ciencias Exactas, Ingeniería y Agrimensura (UNR). Nodo de secuenciación de Rafaela: Instituto de Investigación de la Cadena Láctea (IDICAL, INTA-CONICET).

Proyecto PAIS

Creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, el Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS) está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV-2.

Coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, el equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular.