La mosca sudamericana de la fruta, Anastrepha fraterculus (Wiedmann), se distribuye desde el norte de México hasta el norte de Argentina, donde causa daños a diversas frutas silvestres y cultivadas. No se trata de una sola especie, sino de un complejo de especies prácticamente idénticas. Se han identificado ocho tipos morfológicos (morfotipos). Para facilitar la identificación de la especie, se requieren métodos alternativos no morfológicos, como los basados en secuencias genómicas. La técnica del insecto estéril es un método eficaz para combatir estas plagas, que consiste en la liberación de numerosos insectos macho estériles en la naturaleza. Los machos estériles criados en masa y liberados en el campo se aparean con las hembras, que ponen huevos inviables, reduciendo así la población. Este enfoque solo es eficaz cuando los machos liberados son sexualmente compatibles con las hembras de la población objetivo. Por lo tanto, una identificación precisa es fundamental para su éxito. Evaluamos el uso de la secuencia del espaciador transcrito interno 2 (ITS2) para discriminar miembros del complejo de especies crípticas de A. fraterculus y una especie relacionada, Anastrepha schultzi Blanchard. La secuencia ITS2 discriminó con éxito entre diferentes morfotipos y proporciona una base para el desarrollo de claves para la discriminación de las especies dentro del complejo. ITS2 también representa un marcador importante para la especie poco estudiada A. schultzi.

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