Martín Jacobo Thompson nació en Buenos Aires el 23 de abril de 1777. Hijo único del matrimonio formado por Guillermo Thompson y Tiburcia López Escribano, egresó en 1800 como guardiamarina de la Academia Naval de El Ferrol, en España.

De activa participación en la Revolución de Mayo de 1810, fue designado Capitán de Puertos de la Provincias Unidas del Río de la Plata por un decreto de la Primera Junta de Gobierno Patrio del 30 de junio de ese año redactado por el Dr. Mariano Moreno, a cargo de la Secretaría de Gobierno y Guerra.

Este hito equivale al nacimiento oficial de la Prefectura Naval Argentina, con el coronel Thompson como primer Prefecto Nacional Naval, máxima autoridad de la Institución.

Su labor como Capitán de Puerto se extendió hasta noviembre de 1815. Durante su gestión redactó los reglamentos relativos a la construcción de buques, la prohibición de arrojar lastres al agua y el amarre de las embarcaciones en puerto.

Luego fue designado en una misión diplomática a América del Norte y falleció en navegación de regreso a Buenos Aires.
Durante 2019, en el marco de la celebración del día de la Prefectura Naval Argentina, la institución recibió, para custodia y resguardo, una réplica del sable que Thompson entregara al general José Gervasio Artigas, en el marco de su campaña militar en la Banda Oriental.

Este sable marcado por una historia de honor había sido otorgado por nuestro Prefecto Nacional en reconocimiento a la heroica “acción gloriosa” y por el “noble espíritu” que demostró en aquel 18 de Mayo de 1811 en la Batalla de las Piedras, la primera gran victoria de José Gervasio Artigas.