El SEGEMAR cuenta con una Mapoteca que depende de la Dirección Nacional de Geología y Recursos Minerales, coordinada desde la Biblioteca Dra. María Teresa Carri de Riggi, del Edificio 25 Sede Buenos Aires. Lleva por nombre Felipe Enrique Godoy Bonnet, en homenaje al topógrafo que en 1993 realizó un ordenamiento y catalogación de los mapas que formaban parte de la entonces Dirección Nacional del Servicio Geológico, dependiente de la Secretaría de Minería de la Nación. El autor registró, desde 2013 hasta 2017, un total de 3865 mapas en 10 carpetas escritas a mano, que fueron recuperadas en formato digital en diciembre de 2024.

La Mapoteca resguarda una colección de libretas de campo, manuscritos, informes, ficheros, monografías, cuadernos de notas y artefactos utilizados por los topógrafos en sus campañas, junto con fotografías en formato placa de vidrio de paisajes de algunas provincias y registro de memorias topográficas. Su producción documental, en proceso constante de descripción, abarca desde 1907 en adelante.

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