El PNCC funcionará en la órbita de la Dirección Nacional de Programas y Proyectos, dependiente de la Subsecretaría de Evaluación Institucional del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación.

Su gestión estará a cargo de un Equipo Técnico conformado por personal que revista en dicha Dirección Nacional.

Asimismo, contará con el apoyo de una Comisión Asesora de Especialistas externa y ad honorem, que estará integrada por personas idóneas en el tema, quienes podrán participar tanto a título personal como en el marco de su pertenencia a proyectos de Ciencia Ciudadana, instituciones del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación, organizaciones de la sociedad civil y/o a otras áreas del Estado Nacional. La Comisión brindará asesoramiento y/o recomendaciones a la Dirección Nacional en los aspectos conceptuales y técnicos relativos al funcionamiento del Programa, velando por la calidad y pertinencia de sus intervenciones. Asimismo, participará en la evaluación de iniciativas candidatas a integrar el Registro Nacional de Proyectos de Ciencia Ciudadana.

De ser considerado necesario, el Equipo Técnico podrá organizar Mesas de Trabajo ad hoc para temas específicos.