Durante esta segunda etapa, se define la cartera de innovaciones clave para el cumplimiento de las misiones y se identifican los incentivos y barreras relevantes que condicionan su desarrollo.

Los procedimientos metodológicos que se seguirán son:

a. Definición de estrategias de innovación para cada misión
b. Identificación de innovaciones tecnológicas y no tecnológicas clave.
c. Evaluación del estadío de desarrollo de las tecnologías, factibilidad e impacto y tiempo de desarrollo.
d. Identificación de condicionantes sistémicos para el cumplimiento de la misión.
e. Elaboración de la cartera de innovaciones clave para el cumplimiento de la misión.

Esta etapa se llevará adelante a través de mesas de trabajo de conformación multiactoral.