Las personas participantes son examinadas por Comisiones Evaluadoras de Pares, integradas por calificados investigadores en cada una de las disciplinas involucradas. Estas comisiones emiten un dictamen con una terna de las candidaturas con mayor mérito para cada uno de los Premios.

La Comisión de la Distinción recibe los dictámenes de las Comisiones Evaluadoras y designa en forma definitiva a las personas ganadoras de los Premios Houssay, Houssay Trayectoria, y Jorge Sabato.

En función de los ganadores de los Premios Houssay Trayectoria, se propondrá a Presidencia de la Nación una persona para ser galardonado con la Distinción Investigador de la Nación Argentina.