El Departamento de Protección Ambiental interviene en la relación con el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible y ejerce la Autoridad Funcional en el ámbito de la Armada Argentina en lo relativo a residuos peligrosos de origen industrial y hospitalarios de los destinos de la Armada y la inscripción centralizada de los mismos.

Relevamientos y gestión para su disposición final de pasivos ambientales en ciertas unidades.

A su vez, participa de reuniones/encuentros interinstitucionales sobre seguridad ambiental (IRAM-Instituto Argentino de Normalización y Certificación) e interviene en el análisis de documentos relacionados con la protección del Medio Marino provenientes de organismos internacionales (OMI-Organización Marítima Internacional) mediante la elaboración de Instrucciones de Asistencia del Subcomité de Prevención y Lucha contra la Contaminación –PPR 7 y del Comité de Protección del Medio Marino – MEPC 75.

A través de la colaboración brindada por parte de sus integrantes, ha realizado la interpretación simultánea del Curso de Navegación Antártica (NAVANTAR) en el 2018.

Por otra parte, el Departamento de Protección Ambiental coordina la homologación técnica de las empresas prestadoras de servicios relativos al área de seguridad ambiental.

Entre otras tareas, el Departamento de Protección Ambiental se ocupa del relevamiento anual de residuos peligrosos de las bases antárticas conjuntas en función a la información brindada por estas mismas durante las Campañas Antárticas de Verano (CAV). Posteriormente, la información recabada es transmitida al Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible.